Nella storia del Movimento di Comunione e Liberazione è sempre stata avvertita l'urgenza di poter continuare una vita comunionale, da coloro che, uscendo dall'università e sposandosi, assumevano una fisionomia adulta nella società. Dopo alcuni tentativi di risposta a questa esigenza e un certo periodo di smarrimento, per rispondere ad una domanda espressa da molti universitari neolaureati iniziò, sul finire degli anni settanta, un tentativo che aveva nel termine "Confraternita" il suggerimento di contenuto e di immagine. Il fenomeno storico delle Confraternite fu visto come emblema di esigenze che sentivamo: l'esigenza dapprima spontanea e poi riflessa di vivere la fede e poi impegnarsi con essa unitamente al diritto di potersi liberamente consociare e di svolgere un'operatività nella Chiesa e nella società. Successivamente l'Abate di Montecassino, S.E. Matronola, dandoci l'occasione di un gesto per il XV centenario della nascita di San Benedetto, fece nascere in Don Giussani l'idea di costituire un'Associazione Laicale che, appoggiata all'abbazia di Montecassino, desse una forma stabile ai tentativi di Confraternita fino allora effettuati.

Ebbe così inizio un nuovo movimento: "Fraternità di Comunione e Liberazione", che rapidamente si incrementò e si diffuse non solo in Italia e in varie nazioni europee, ma anche in altri continenti. L'11 febbraio 1982, su richiesta di numerosi Vescovi e con l'incoraggiamento dello stesso Santo Padre, il Pontificio Consiglio per i laici, che ha il compito di discernere i nuovi carismi dei Movimenti e delle Associazioni laicali, concedeva alla Fraternità il suo più alto riconoscimento dichiarandola a tutti gli effetti associazione di diritto Pontificio.

La "Fraternità di CL" ha lo scopo di assicurare il futuro dell'esperienza del movimento e la sua utilità per la Chiesa e per la società, attraverso la continuità dell'educazione e la costruzione di opere, come esito di tale educazione nelle strutture della società ecclesiastica e civile. Dice Don Giussani: "Con la Fraternità abbiamo voluto invitare ad una forma di impegno che mirasse, innanzitutto, a un aiuto al cuore di ognuno, perché ognuno cammini di fronte a Cristo e, in secondo luogo, ad assicurare persone che costruiscano l'opera del Movimento con una maturità di fede sempre più grande, perciò in un modo creativamente più sicuro". L'adesione alla Fraternità è una scelta personale: nasce come necessità personale per la propria fede e per il realizzarsi della propria fisionomia cristiana. Per aderire alla Fraternità è necessario presentare domanda di ammissione. Essa è un atto personale e non una scelta operata da un gruppo.

La Fraternità di CL è presente in Italia e in circa ottanta paesi nei cinque continenti. È organizzata per Diocesi, con un Responsabile diocesano eletto dagli iscritti. È presente nella Diocesi di Bologna sino dall'anno di fondazione e conta un migliaio di iscritti. Le iniziative annuali che scandiscono la vita della Fraternità sono gli Esercizi Spirituali nazionali che si svolgono annualmente a Rimini, i ritiri diocesani in occasione dell'Avvento e della Quaresima e la vita dei gruppi di Fraternità, che nascono per libera associazione di aderenti alla Fraternità e si ritrovano periodicamente con lo scopo di condividere la vita quotidiana nella fede e nell'aiuto reciproco.